第四章:表达调控
4.1 基因表达调控概述
调控层次
基因表达调控
发生在多个层次:
DNA → 转录 → RNA加工 → 翻译 → 蛋白质修饰
↑ ↑ ↑ ↑ ↑
染色质 转录 转录后 翻译 翻译后
| 层次 |
调控点 |
特点 |
| 染色质水平 |
DNA可及性 |
表观遗传,长期调控 |
| 转录水平 |
转录起始 |
最主要调控点 |
| 转录后水平 |
RNA加工、稳定性 |
快速响应 |
| 翻译水平 |
翻译起始 |
应急调控 |
| 翻译后水平 |
蛋白质修饰、定位 |
功能激活 |
4.2 原核生物基因调控
操纵子模型
操纵子
(Operon)是原核生物基因调控的基本单位:
启动子 - 操纵基因 - 结构基因群
↑ ↑
RNA聚合酶 阻遏蛋白
| 元件 |
功能 |
| 启动子 |
RNA聚合酶结合位点 |
| 操纵基因(Operator) |
阻遏蛋白结合位点 |
| 结构基因 |
编码功能蛋白 |
| 调节基因 |
编码调控蛋白 |
乳糖操纵子
乳糖操纵子
(Lac operon):
负调控(阻遏):
- 无乳糖时:阻遏蛋白结合操纵基因,转录关闭
- 有乳糖时:乳糖作为诱导物,阻遏蛋白失活,转录开启
正调控(激活):
色氨酸操纵子
色氨酸操纵子
(Trp operon):
阻遏型操纵子:
- 无色氨酸时:转录开启
- 有色氨酸时:色氨酸作为辅阻遏物,阻遏蛋白激活,转录关闭
衰减作用(Attenuation):
- 前导肽的翻译影响转录终止
- 转录-翻译偶联的精细调控
4.3 真核生物转录调控
顺式作用元件
顺式作用元件
:DNA上的调控序列
| 元件 |
位置 |
功能 |
| 启动子 |
转录起始点附近 |
基础转录装置组装 |
| 增强子(Enhancer) |
远端(1kb-1Mb) |
显著增强转录效率 |
| 沉默子(Silencer) |
远端 |
抑制转录 |
| 绝缘子(Insulator) |
边界 |
阻断增强子/沉默子作用 |
反式作用因子
反式作用因子
:调控蛋白
转录因子结构:
-
DNA结合域
:识别特定序列
-
转录激活域
:招募转录 machinery
-
二聚化结构域
:形成同源/异源二聚体
常见DNA结合域:
-
同源异型域
(Homeodomain)
-
锌指结构
(Zinc finger)
-
碱性亮氨酸拉链
(bZIP)
-
螺旋-环-螺旋
(HLH)
转录调控网络
组合调控:
实例:MyoD与肌肉分化
-
MyoD
是碱性HLH转录因子
- 激活肌肉特异性基因表达
- 可诱导成纤维细胞转化为肌细胞
4.4 转录后调控
RNA加工调控
选择性剪接(Alternative splicing):
- 一个基因产生多种mRNA异构体
-
外显子
跳跃、内含子保留
- 人类约95%的基因存在选择性剪接
实例:α-原肌球蛋白基因
- 14个外显子,通过选择性剪接产生多种组织特异性蛋白
RNA稳定性调控
mRNA降解途径:
-
脱腺苷酸化
:去除poly(A)尾
-
脱帽
:去除5’帽
-
外切酶降解
:5’→3’或3’→5’
调控元件:
-
AU富含元件
(ARE):促进降解
-
miRNA
:通过RNA干扰抑制翻译或促进降解
miRNA调控
miRNA
(微小RNA):
- 长度:21-25 nt
- 来源:RNA聚合酶II转录,经Drosha和Dicer加工
- 机制:与RISC复合物结合,靶向mRNA
调控方式:
4.5 翻译调控
翻译起始调控
eIF4E结合蛋白(4E-BP):
- 与eIF4E竞争结合
-
mTOR激酶
磷酸化4E-BP,释放eIF4E
- 营养信号调控翻译
铁响应元件(IRE):
-
铁调节蛋白
(IRP)结合IRE
- 铁缺乏时:抑制铁蛋白mRNA翻译
- 铁充足时:IRP失活,翻译进行
翻译延伸与终止调控
罕见密码子:
通读(Read-through):
4.6 表观遗传调控
DNA甲基化
DNA甲基化
:
- 位点:CpG岛中的胞嘧啶
- 酶:DNA甲基转移酶(DNMT)
- 效应:通常抑制基因表达
生物学意义:
-
基因组印记
(Imprinting)
-
X染色体失活
- 肿瘤抑制基因沉默
组蛋白修饰
组蛋白修饰
:
| 修饰 |
位点 |
效应 |
| 乙酰化(Ac) |
赖氨酸 |
激活转录 |
| 甲基化(Me) |
赖氨酸/精氨酸 |
H3K4me3激活,H3K27me3抑制 |
| 磷酸化(P) |
丝氨酸 |
调控染色质结构 |
| 泛素化(Ub) |
赖氨酸 |
调控转录 |
组蛋白密码:不同修饰组合产生特定调控效应
染色质重塑
染色质重塑复合物
:
-
SWI/SNF
:利用ATP水解能量重塑核小体
-
ISWI
、CHD、INO80家族
功能:
- 改变核小体位置
- 影响DNA可及性
- 调控转录因子结合
本章小结
- 基因表达调控发生在多个层次,转录水平最重要
- 原核生物以操纵子为单位进行负/正调控
- 真核生物通过顺式元件和反式因子精细调控
- 转录后调控包括剪接、稳定性、miRNA等
- 表观遗传调控不改变DNA序列,但影响基因表达
思考题
- 为什么真核生物需要比原核生物更复杂的调控机制?
- DNA甲基化和组蛋白修饰如何协同调控基因表达?
- miRNA和siRNA在调控机制上有什么异同?